Eckart Hübner je najprej zaključil študij fagota v Hannovru pri profesorju Klausu Thunemannu, zatem pa še študij dirigiranja na Musikhochschule v Leipzigu pri profesorju Rohdeju. Po nastopih v vlogi glavnega fagotista z orkestroma Philharmonischen Orchester Dortmund in Badischen Staatskapelle se je profesor Hübner leta 1990 kot glavni fagotist pridružil orkestru Sinfonieorchester des SWR. Trenutno uči na Universität der Künste v Berlinu. Profesor Hübner je leta 1987 prejel nagrado na tekmovanju Deutschen Musikwettbewerb, v okviru projekta Bundesauswahl pa je bil izbran v »platformo za mlade soliste«. Eckart Hübner je član Pihalnega kvinteta Albert Schweitzer, ki je poleg številnih drugih dosežkov leta 1985 prejel tudi nagrado na glasbenem tekmovanju ARD. Številni posnetki te zasedbe so mednarodno priznani. Posnetki vseh kvintetov za pihala Antona Reiche so leta 1989 prejeli naziv nemška plošča leta.
Instrumentalist
Eckart Hübner, po besedah portala Klassik Heute »eden najbolj priznanih evropskih fagotistov«, nastopa z različnimi komornimi zasedbami in kot solist. Z godalnim kvartetom Nomos je posnel kvartete za fagot Franza Krommerja in Antona Reiche, s Slovaškim komornim orkestrom Deviennove koncerte za fagot, z orkestrom SWR Sinfonieorchester je premierno posnel koncert za fagot Charlesa Koechlina, z zasedbo Deutsche Kammerakademie Neuss pa koncerte za fagot Antonia Rosettija, ki jih je tudi dirigiral.
Dirigent
Profesor Hübner je zadnjih nekaj let vse bolj iskan tudi kot dirigent. Med drugim je vodil številne projekte s komornimi orkestri, povezanimi z Evropskim mladinskim orkestrom, kot so Staatskapelle Schwerin, Bochumer Sinfonikern, Jenaer Philharmonie, Kammerphilharmonie Darmstadt in Kurpfälzischen Kammerorchester Mannheim, s katerim je leta 2012 tudi posnel Mozartov koncert za fagot in več Rosettijevih koncertov za fagot. V tujini je redni gostujoči dirigent v vodilnih romunskih orkestrih, kot je Romunski radijski orkester, v orkestru Sinfonietta Riga, leta 2010 pa je prvič nastopil z Rotterdamskim filharmoničnim orkestrom.
Profesor
Eckart Hübner je med letoma 1995 in 1997 poučeval na Musikhochschule der Stadt Basel. Leta 1997 je postal profesor fagota in komorne glasbe na Universität der Künste v Berlinu. Njegovi študenti igrajo v vodilnih orkestrih v Nemčiji in drugod po Evropi.
